A história de Jonas é mencionada várias vezes no Alcorão. Jonas foi enviado por Deus como mensageiro para uma nação no atual Iraque, de acordo com historiadores muçulmanos. Essa era uma nação e cidade próspera. Deus descreve isso no Alcorão: “E enviamo-lo [Jonas] a cem mil homens, ou mais;” [37:147]. Jonas chamou seu povo para adorar somente a Deus e rejeitar falsos deuses, mas eles rejeitaram o seu chamado e a sua mensagem. Jonas avisou seu povo sobre a punição iminente de Deus e decidiu deixar a cidade.
Quando o povo de Jonas viu o castigo de Deus, eles se arrependeram e creram Nele. Deus retirou o Seu castigo. Jonas sentiu que seu povo o consideraria desonesto, pois o castigo que ele prometeu não veio. Jonas embarcou em um navio e decidiu partir para outro local sem a permissão de Deus. O navio encontrou uma tempestade e ficou sobrecarregado, e os passageiros do navio decidiram que alguém teria que ser jogado ao mar para salvar o resto.
Eles começaram a sortear. O primeiro lote sorteado foi o de Jonas. Os passageiros, sabendo que ele era o mensageiro de Deus, decidiram redesenhar o sorteio. Mesmo assim , Jonas era sorteado. Jonas percebeu que essa era a decisão de Deus. Ele foi então lançado ao mar. Deus diz, “Quando fugiu, no barco repleto. Então, ele tirou à sorte, e foi dos refutados. Então, a baleia engoliu-o, enquanto merecedor de censura.” [37:140-142].
Deus decretou que Jonas seria engolido por uma baleia no mar. E foi dentro do ventre da baleia nas profundezas do mar que Jonas se voltou para Deus, buscando Sua ajuda e perdão. Deus diz, “E, se não fora ele dos glorificadores, Haveria permanecido em seu ventre [da baleia], até um dia, em que serão ressuscitados.” [37:143-144]. A súplica feita por Jonas também está registrada no Alcorão, “Não existe deus, senão Tu! Glorificado sejas! Por certo, fui dos injustos.” [21:87].
Deus salvou Jonas da baleia e ele foi colocado na costa de uma terra onde Deus lhe deu sustento. Deus diz, “Então, deitamo-lo fora, em ermo lugar, enquanto indisposto. E fizemos brotar sobre ele um arbusto de abóbora.” [37:145-146]. Deus elogia Jonas por sua percepção de seu erro e por voltar atrás em arrependimento a Deus no Alcorão. O Mensageiro Muhammad mencionou as virtudes de Jonas em seus ensinamentos.
Deus diz dirigindo-se ao Mensageiro Muhammad e seus seguidores, “Então, pacienta quanto ao julgamento de teu Senhor. E não sejas como o companheiro da baleia quando Nos chamou, enquanto angustiado. Não o atingira uma graça de seu Senhor, haveria sido atirado à terra nua, enquanto infamado. Então, seu Senhor elegeu-o, e fê-lo dos íntegros.” [68:48-50].